皇暦2019年、仮面の男・ゼロが神聖ブリタニア帝国の悪逆皇帝ルルーシュを倒した「ゼロ・レクイエム」によって、世界に平和が訪れた。

しかし、その裏側では、ギアスの根源たる集合無意識につながる「Cの世界」に異変が起きていた。
「明日が欲しい」と願った少年の純粋な想いが、運命と因果、人の意志が作用し、結果的に「Cの世界」は、本来の機能を失い、世界の営みを止めてしまう。

物語は、止まってしまった世界で目覚めた記憶も持たない少年「アル」が、突如目の前に現れた不思議な少女ギギから、願いを託されるところからはじまる。

世界を止めている原因が「終わりの月」と呼ばれるものであり、世界を前に進めるためには、あらゆる時空に散ったギアスの欠片を集める必要があること。
そして、時空を超える『位相転移のギアス』を持つアルが、「観測者」であることを告げられた。

ギギの願いは、「終わりの月」を破壊し、世界を前に進めること。

アルはギギの願いを叶えるため、そして、自らの記憶を取り戻すための旅に出る。
しかし、ギアスを使ったあと目覚めたその世界は、、自分自身ではない。その時を、物語を紡ぐ「鍵人」の観測者としての目覚めだった。